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生物样品分析平台

公司样本中心采用  LIMS  系统进行样本全程管理,年分析样本  30000  多例,经过十年的经验积累,平台已经掌握对大多数物种、类型  RNA  的抽提方法  -  如人(新鲜组织,胸水,全血,血清,血浆,石蜡片,显微切片组织),RNA 或 DNA 产量、纯度和完整性是确保下游研究应用(微阵列芯片、新一代测序,Real-Time PCR 等)中获得高质量数据的关键。

一、生物样品储存

充足的样本储存空间,实时监控,专人管理,严格的样本接收、返还、销毁 SOP,确保客户样本资源得到很好的管理和保护。

超低温冰箱生物样品储存中心

 样本中心实拍设备、冰箱、温度计等图

二、生物样品提取

引进了无 RNA 酶污染的组织粉碎系统,采用一次性的匀浆头和匀浆管,以避免样品处理过程中的污染。针对不同物种、类型,选用相应的 SOP 进行样本的抽提。

 组织匀浆机与震荡破碎仪

三、生物样品分析

采用了 NanoDrop 和 Agilent 2100 核酸质检系统进行样品质检工作。该系统仅需微量的 RNA 样品,就能将样品的浓度、质量等信息测定,更能将其所测得的数据信息模拟成凝胶电泳图,给人以清晰直观的效果。上海伯豪的所有 RNA 样品均采用 Agilent 2100 系统质检,跟传统凝胶电泳方法相比较,结果更可靠,更利于保存和比较。

NanoDrop 与 Agilent 2100

经过十年的经验积累,平台已经掌握对大多数物种、类型 RNA 的抽提方法 - 如人(新鲜组织,胸水,全血,血清,血浆,石蜡切片,显微切割组织,穿刺样本等)、小鼠、羊、牛、兔子、鸡、斑马鱼、线虫、水稻、拟南芥、甘蔗、种子、小麦、油菜、大肠杆菌、枯草杆菌、天蓝色链霉菌、猪链球菌等,以及全血、组织中 DNA 的抽提方法。针对不同物种、类型选择相应的抽提方法,并帮助客户选择稳定的试剂进行抽提,确保 RNA/DNA 的总量及质量满足后续的实验要求。

Agilent 2100 RNA 质检部分实例(来源:2011 年):

2100RNA 质检部分实例



伯豪生信分析系统:提供高通量测序硬件支持

英国beat365官方网站入口定制了天梭  TS10000  高性能集群,该集群在设计上专注于提高  HPC  应用的运行效率,增强系统的可扩展性,致力于提升系统的总体的计算能力、加速节点间的数据交换和系统的  I / O  带宽。同时英国beat365官方网站入口还根据实际运算需求,开发了不同级别的软件应用,促进系统内部服务器、存储、应用之间趋近于协同运算。英国beat365官方网站入口生信分析平台整体硬件设计采用了“高性能计算节点  +  高速网络  +  高效能存储”的整套定制方案。并开发了  SBC Analysis System(SAS  系统)等基于  web  页的在线生物芯片自助分析系统,英国beat365官方网站入口为客户提供一站式生物信息解决方案。

四、生信分析(硬件设备):

英国beat365官方网站入口提供“高性能计算节点 + 高速网络 + 高效能存储”的整套解决方案

英国beat365官方网站入口(以下简称“英国beat365官方网站入口”)根据自身基因组学服务的需要定制了天梭 TS10000 高性能集群,共由 20 个节点和 1 个存储构成,储存能力达到 150TB,计算能力超过 1.8 亿次每秒以上。英国beat365官方网站入口在该集群设计上专注于提高 HPC 应用的运行效率,增强系统的可扩展性,致力于提升系统的总体计算能力、加速节点间的数据交换和系统的 I / O 带宽。同时,英国beat365官方网站入口还根据实际运算需求,开发了不同级别的软件应用,促进系统内部服务器、存储、应用之间趋近于协同运算。

英国beat365官方网站入口生信分析平台整体硬件设计采用了“高性能计算节点 + 高速网络 + 高效能存储”的整套定制方案。英国beat365官方网站入口生信分析平台计算节点采用的是基于 Intel? 至强?5500 处理器的浪潮 NF5220 和四路六核服务器 NF520D2。英国beat365官方网站入口生信分析平台集群不只计算性能高,还具有高扩展、低功耗的特点,由于采用了智能功耗控制技术,该集群整体功耗比同类产品至少降低 10%,在任务较少时,还可以通过浪潮天梭监管软件远程关闭没有工作的节点,进一步节能减耗。

五、生信分析(软件分析)  

英国beat365官方网站入口提供商业化和自主开发相结合的微阵列芯片生物信息分析综合解决方案。

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英国beat365官方网站入口信息平台的软件系统采用商业化和自主开发相结合的方式建立了微阵列芯片数据分析综合解决方案,可针对表达谱芯片、miRNA 芯片、SNP 芯片、DNA 甲基化芯片、CGH 芯片等提供各种英国beat365官方网站入口个性化服务。

同时,英国beat365官方网站入口还针对(临床、科研)工作者的工作需要:“ 开发向伯豪用户开放的个性化实时在线分析系统—Shbio Analysis System,SAS 系统”。【文字直达】

英国beat365官方网站入口(SBC Analysis System,SAS 系统) 该系统核心算法基于 R 语言(R-software) 程序包,可以完成大部分的表达谱分析运算,英国beat365官方网站入口 (SBC Analysis System,SAS 系统) 系统本地整合 8 大公共数据库,实现对多个数据库的交叉查询,帮助您发现实验揭示的生物学意义。

英国beat365官方网站入口(SBC Analysis System,SAS 系统)属于互联网 在线分析系统,将帮助广大 (临床、科研) 工作者表达谱芯片进行各类统计学分析和功能注释工作。英国beat365官方网站入口在线分析系统的这些分析包括:“差异倍数计算(Fold Change),t 检验(t-Test),SAM 检验(Significant Analysis of Microarray, SAM),一维方差分析(one-way ANOVA),二维方差分析(two-way ANOVA),相关性分析(Correlation analysis),聚类分析(Unsupervised hierarchical clustering),主成份分析(Principal Component Analysis,PCA),GO 富集分析(GO enrichment analysis),pathway 富集分析(Pathway enrichment analysis),microRNA 检索,蛋白质相互作用检索(protein interaction) 等。”

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