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表达谱芯片

应用领域

基因表达谱芯片可使科研工作者实现在 mRNA 水平上同时平行研究成百上千乃至上万条基因的表达关系。它的主要用途是用于大规模分析一定的生物对象在特定生物过程中(如疾病、发育、分化、凋亡等)基因表达变化的信息。

伯豪优势

成熟的服务平台:稳定而系统的芯片实验解决方案,可为客户提供总 RNA 抽提、样品质检、RNA 标记、杂交、洗脱、图像扫描、数据分析等一系列服务。

专业的实验人员:从 RNA 抽提到芯片杂交均配备有专业的实验人员,具有丰富的芯片实验操作经验,遵循严格的质控标准,层层把关确保高质量完成实验。

强大的分析团队:实战经验丰富的分析团队,除能快速完成基础分析外,还能根据客户需求完成个性化分析,提供各类高大上的图表。

稳健的支持团队:一对一服务,为您解决项目全过程中的各类问题,包括但不限于项目方案制定、样本收集、数据结果解读、数据深度挖掘及文章发表支持等。


产品简介

Agilent  表达谱芯片

Agilent 表达谱芯片及规格图


Affymetrix  表达谱芯片

Affymetrix 表达谱芯片服务

产品特点

Agilent  表达谱芯片

基于非接触式喷点的寡核苷酸原位合成技术:此种方法可以随时修改芯片的设计,为客户提供新的芯片和价格合理的定制服务。

全程质控:每个碱基的合成都由质量控制系统进行实时监测,消除碱基样点丢失及偏离现象。

高灵敏度:合成探针长达 60-mer,达到检测灵敏度与特异性的平衡。

优化的探针设计:针对每个序列设计一个探针,有利于简化实验数据的处理。


Affymetrix  表达谱芯片

芯片设计:采用光蚀刻原位合成技术合成芯片;

灵敏度高:25mer 长度的短探针设计,灵敏度更高;

重复性高,稳定性好:针对每个转录本设置多组探针,保证信息完整性及实验稳定性。

通用性:Agilent 所有芯片相关产品都采用了 1″×3″工业标准的芯片。

样本要求

Agilent  表达谱芯片

Agilent 表达谱芯片样本要求


Affymetrix  表达谱芯片

Affymetrix 表达谱芯片样本要求

分析流程

Agilent  表达谱芯片

Agilent 表达谱芯片分析流程


Affymetrix  表达谱芯片

Affymetrix 表达谱芯片分析流程

案例展示

Agilent  表达谱芯片

案例一

研究背景

肿瘤转移是肿瘤致死的主要原因之一。肿瘤的转移包括肿瘤细胞的侵袭、存活、沉降和定植等一系列过程。原发部位和远端转移位点的微环境是肿瘤细胞散播和定植的重要驱动力。原发部位肿瘤可以调动和招募骨髓来源的细胞形成转移前微环境,为肿瘤细胞转移至远端部位提供趋化因子、生长因子和黏附因子,进而加速肿瘤转移。因此识别肿瘤驯化细胞,明确其功能是揭示肿瘤发生和转移的关键问题。

研究思路

Agilent 表达谱芯片研究思路

研究成果

本研究阐明了肿瘤驯化 B 细胞产生病理性抗体 IgG 介导的体液免疫在创造淋巴结转移前微环境形成及淋巴结转移中的重要功能。B 细胞产生的病理性抗体可以与肿瘤细胞膜表面糖基化的抗原 HSPA4 结合,调控相关基因的表达,激活下游的 NF-κ B 通路,进而促进淋巴结转移。其重要意义是发现了一个潜在的预后指标肿瘤抗原 HSPA4 及其病理性抗体 IgG,对乳腺癌病人的预测和治疗提供了新的靶点。

Agilent 表达谱芯片研究结果分享

参考文献

Gu Yan, Liu Yanfang, Fu Li et al. Tumor-educated Bcells selectively promote breast cancer lymph node metastasis by HSPA4-targeting IgG.[J] .Nat. Med., 2019, 25: 312-322.


案例二

研究背景

骨关节炎(Osteoarthritis,OA) 是常见的关节退行性疾病,具有很高的患病率和致残率。目前我国 OA 患者超过 1 亿,占全世界 OA 患者的 10% 以上,OA 已成为我国老年人群致残的主要疾病,给患者和社会都带来了沉重的负担。目前的研究认为 OA 的发展离不开软骨下骨的病变,但具体的致病机制仍不清楚。

研究成果

在 OA 模型小鼠中激活软骨下骨成骨前体细胞雷帕霉素靶蛋白复合物 1(mTORC1)通路,能够导致异常软骨下骨形成,软骨下骨硬化对关节软骨完整性几乎没有影响,但是会加速创伤后的小鼠 OA 的形成。相反,通过破坏 Raptor 抑制 mTORC1 通路,就可以减少软骨下骨形成和软骨退化,同时也减缓了轻创伤后小鼠 OA 的形成过程。进一步研究表明,mTORC1 的激活会促进软骨下骨成骨前体细胞的增殖和 CXCL12 的分泌,而 CXCL12 可以激活免疫抗体从而有效地减少软骨退化减轻小鼠 OA 病症。

Agilent 表达谱芯片案例二研究结果分享

参考文献

Lin Chuangxin, Liu Liangliang, Zeng Chun et al. Activation of mTORC1 in subchondral bone preosteoblasts promotes osteoarthritis by stimulating bone sclerosis and secretion of CXCL12.[J] .Bone Res, 2019, 7:5.



Affymetrix  表达谱芯片

案例三

研究背景 3

鼻咽癌是我国常见的头颈肿瘤,其中以华南地区较多。约 70% 的鼻咽癌患者在就诊时已经处于局部区域晚期(无远处转移),严重威胁着我国人民的生命健康。目前局部区域晚期鼻咽癌患者仍有 20-30% 的在治疗后会出现远处转移,成为治疗失败的主要原因。采取传统的肿瘤临床 N 分期方法,预测远处转移的准确性仅为 57% 左右;并且,相同分期的患者接受同样的治疗后常常出现不同的生存结局,临床上缺乏有效的标志物指导鼻咽癌患者的治疗方案选择。

研究思路 3

Affymetrix 表达谱芯片案例一研究思路

研究成果 3

中山大学肿瘤防治中心马骏教授团队开展了现今国际大规模的鼻咽癌分子标志物研究,团队通过 Affymetrix Human Gene 2.0 ST 芯片对接受治疗后有无出现远处转移的鼻咽癌组织(FFPE 样本)全基因组表达水平进行对比分析,从数万个基因中初步锁定 137 个差异表达基因,再用回归分类器的统计方法从 410 例患者中筛选 13 个远处转移相关的基因构建分子标签,将病人分为高风险组和低风险组。结果显示,高风险组患者 5 年远处转移率高达 37%,低风险组则仅为 9%。本项研究还发现,利用这组分子标签可以区分鼻咽癌患者同期化疗获益人群。与鼻咽癌传统预后指标相比效果,将分子标签与 N 分期等临床指标相结合构建鼻咽癌远处转移线列图,能够将预测准确性由 57% 提高至 75%。

Affymetrix 表达谱芯片案例一研究结果

参考文献 3

Tang Xin-Ran, Li Ying-Qin, Liang Shao-Bo et al. Development and validation of a gene expression-based signature to predict distant metastasis in locoregionally advanced nasopharyngeal carcinoma: aretrospective, multicentre, cohort study.[J] .Lancet Oncol., 2018, 19: 382-393.


案例四

研究背景 4

必需氨基酸(甲硫氨酸、缬氨酸、赖氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、亮氨 酸、苏氨酸、组氨酸)不仅为蛋白质、脂类、核酸等生物大分子的合成提供“原料”,而且还能够作为信号分子诱导 mTOR 通路的激活。相对正常细胞来讲,肿瘤细胞大量吸收葡萄糖和谷氨酰胺,同时也需要由谷氨酰胺之外的其他氨基酸提供碳源和氮源,其中关键的就是人体不能合成、必须依赖外源摄取的必需氨基酸。肿瘤细胞常常表现出大量吸收必需氨基酸这一重要特征,然而如何快速转运必需氨基酸以及必需氨基酸代谢如何促进肿瘤恶化的机制尚不清楚。

研究成果 4

武汉大学医学研究院卿国良教授课题组研究人员首先证明了癌蛋白 MYC 是激活肿瘤细胞摄取必需氨基酸的关键性转录调控因子。进一步研究发现,MYC 通过直接激活的方式调控了 SLC7A5 和 SLC43A1 的表达,并形成了 MYC-SLC7A5/SLC43A1 正反馈环路,增强肿瘤细胞对必需氨基酸的摄取,抑制 GCN2-eIF2α-ATF4 应激通路,继而选择性激活 Myc、Bcl2、Cyclin D1 等关键促癌基因的蛋白质翻译,促进肿瘤的恶性发展。该研究报道了 Myc-SLC7A5/SLC43A1 正反馈环路通过重编程必需氨基酸代谢从而促肿瘤恶性发展的分子机制,不但揭示了代谢异常促肿瘤发生发展的新机制,而且为 MYC 高表达肿瘤病人的治疗提供了潜在靶点。

Affymetrix 表达谱芯片案例二研究结果

参考文献

Yue Ming, Jiang Jue, Gao Peng et al. Oncogenic MYC Activates a Feedforward Regulatory Loop Promoting Essential Amino Acid Metabolism and Tumorigenesis.[J] .Cell Rep, 2017, 21: 3819-3832.

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